Задачей Юнтолово является охрана места произрастания различных редких видов растений, обитания ценных животных и птиц, восстановление флоры и фауны - поддержание естественного экологического баланса. Соответственно, одними из первостепенных задач заповедника в Юнтолово можно назвать поддержание естественного состояния окружающей среды Санкт-Петербурга и экологическое просвещение населения города. Заказник признан особо охраняемой государственной территорией распоряжением губернатора от 30.11.1999 N 1275-р.